A ESMP-MS tem a seguinte estrutura organizacional:

I - Diretoria-Geral;

II - Departamento de Apoio Administrativo;

III - Corpo Técnico:

a) Divisão de Estudos e Pesquisas;

b) Divisão Pedagógica;

c) Divisão de Editoração;

d) Divisão de Acervos Bibliográficos;

IV - Núcleos de Apoio:

a) Administrativo;

b) Jurídico;

c) de Comunicação;

V - Unidades Colegiadas:

a) Conselho Administrativo-Consultivo;

b) Comitê Editorial.